交通运输工程学院是首批获得交通运输一级学科博士点的院校，拥有道路与铁道工程、交通运输规划与管理、交通信息工程与控制、载运工具运用工程四个二级学科的博士点与硕士点，以及道路与铁道工程和交通运输规划与管理博士后流动站。
交通运输工程学科为同济大学的优势学科和优先发展学科，先后被确定为上海市重点学科、国家重点学科和211工程重点建设学科。道路与铁道工程和交通信息工程与控制学科获得了"长江学者特娉教授岗位"。2001年道路与铁道工程、交通运输规划与管理被评为国家级重点学科。
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